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截至2010年9月,钟南山取得中国国家、省市各级科研成果20余项,2005年获中国国家科技进步二等奖,2004获年广东省科技进步特等奖,省科技进步一等奖,并获得了广东省和广州市科技进步个人特等奖。2003年获何梁何利科技奖。
1980年,《GD微型最高呼气流速仪》项目获广东省科技进步三等奖。
1982年,《转基因因子研究》项目获广州市科技成果一等奖;
1994年,《哮喘及气道高反应性》项目获中国卫生部重大科技成果三等奖。
2008年,《应用siRNA策略研制预防和治疗SARS疾病特效药动物实验》项目获广东省科学技术二等奖。
2008年,《慢性咳嗽的病因诊断程序、发病机制及其治疗研究》项目获广州市科学技术进步一等奖,《SARS冠状病毒灭活疫苗及相关研究》 项目获广州市科学技术进步二等奖。
2009年,《创建防治结合型全科医学人才培养模式,推动社区卫生服务可持续发展》项目获中国国家级教学成果二等奖
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